CSSスタイルを変更する場合は以下のファイルを変更して下さい。

html/user_data/package/テンプレートフォルダ/css/theme.css

新しくCSSファイルを追加する方法

新しくCSSファイルを追加するには以下の場所にCSSファイルを作成します。

html/user_data/package/テンプレートフォルダ/css/file-name.css

そのあと、テンプレートのhead内にCSSをリンクし、読み込めるようにします。
data/Smarty/templates/テンプレートフォルダ/site_frame.tplで以下のようにコードを追加します。

<!-- Template CSS -->
<link rel="stylesheet" href="<!--{$TPL_URLPATH}-->css/theme.css" type="text/css" media="all" />
<!-- 追加 CSS -->
<link rel="stylesheet" href="<!--{$TPL_URLPATH}-->css/file-name.css" type="text/css" media="all" />